In
een tijdsbestek van bijna 6000 jaar voltrekken zich grote veranderingen in het
landschap van het Zuiderzeegebied en Noord-Holland (5800 – 100 voor Christus).
De waterstand bij Schokland stijgt in deze tijd zo'n 9 meter. In het gebied van
Noord-Holland en de Zuiderzee voeren riviertjes als de Tjonger (Kuinder), Linde,
Overijsselse Vecht, IJssel en Eem het neerslagoverschot af naar het westen.
Lokaal en ook als gevolg van de zeespiegelstijging ontstaan veenmoerassen.
Situatie 5800 voor Christus
Omstreeks 5800 voor Christus dringt de zee dit afwateringsgebied binnen. Achter een groot zeegat bij Bergen ontstaat een zoute tot brakke binnendelta die in het oosten Cardiumklei afzet. De mens woonde vooral op de hoger gelegen rivierduinen langs de Overijsselse Vecht, IJssel en Eem. Het binnenmeer schuift naar het oosten op en bossen verdrinken (4400 voor Christus). De Swifterbantcultuur (5000-3400 voor Christus) wordt vanaf de kust landinwaarts gedrongen door de stijgende waterstand, 's Winters kunnen de jagers naar hogere zandgronden vertrekken. Na 4600 voor Christus wordt naast jacht, visserij en verzamelen van vruchten ook graan verbouwd en vee gehouden. Er ontstaan blijvende vestigingen op hogere oeverwallen en rivierduinen, onder andere op Het Zand bij Schokland (kavel P14).
Situatie 4400 voor Christus
Door verdere opslibbing en sluiting van de kust raakt het achtergelegen
gebied geïsoleerd en ontstaat er een omvangrijk veenmoeras. De IJssel buigt nu
bij Oostelijk Flevoland zuidwaarts af en mondt uit in een meer.
Door verslechterde afwatering in het mondingsgebied van de IJssel wordt dit meer
groter en het maakt via smalle geulen contact met meer noordelijk gelegen meren.
Situatie 2100 voor Christus
Tot omstreeks 2500 voor Christus volgt er opnieuw een doorbraak van de zee via het Oer-IJ en -verder naar het noorden - tot 2100 voor Christus via het zeegat bij Bergen. Daarna verslechtert de afwatering weer, zodat de zoetwatermeren groter worden en met elkaar verbonden raken. Daaromheen beslaan de laag- en hoogvenen een steeds groter gebied (Hollandveen). Na 1900 voor Christus worden Het Zand en de rivierduinen bij Schokland nog maar uiterst zelden bezocht.
Situatie 100 voor Christus
Door verzanding van het zeegat bij Bergen - omstreeks 1200 voor Christus - en het Oer-IJ - omstreeks 100 voor Christus - groeit het complex van meren aaneen tot wat de Romeinen later het 'Flevum lacus' noemen (het Flevomeer). De enige afvoer naar zee is waarschijnlijk een veenstroom in het noorden.