Volgens voorschriften – opgesteld in 1906 – diende uit een oogpunt van natuurlijke historie, oudheidkunde of geschiedenis zorgvuldig te worden omgegaan met voorwerpen van wetenschappelijk belang.
Medio juli 1940 kreeg de Stichting voor het bevolkingsonderzoek in de
drooggelegde Zuiderzeepolders toestemming om de stoffelijke resten op te graven
van reeds lang daarvoor overleden Schokkers.
Die opdracht paste binnen het kader van een uitgebreide studie om tot een
modelsamenleving te komen in de nieuwe polders. Het was een unieke kans om op
het nieuwe land die mensen samen te brengen die in Nederland een voortrekkersrol
konden vervullen. De Stichting zocht samenwerking met tal van wetenschappelijke
instellingen en het onderzoek op Schokland was daarvan een onderdeel.
Al in het begin van de 19e eeuw was de theorie gelanceerd dat de geďsoleerd levende bevolking van de Zuiderzee-eilanden, Marken, Urk en Schotland, anatomisch tot het type van de Batavus genuines, de ware Bataaf, behoorden. Zij waren de oorspronkelijke bewoners van de Lage Landen – zo dacht men toen - en waren alleszins de moeite waard voor een nader onderzoek.
Fysisch antropoloog dr. Arie de Froe vertrok in 1940 met een aantal medisch studenten naar de Zuidpunt. Daar werden niet alleen de stoffelijke resten van de Schokkers opgegraven, maar ook de fundamenten van de oude kerk blootgelegd. De resten zouden volgens De Froe nog wat kunnen vertellen over de oorspronkelijke Nederlanders. De Froe’s onderzoek duurde slechts enkele weken.
Het onderzoek in de polder kreeg wel een ander vervolg. Professor Albert E. van Giffen, directeur van het Biologisch Archeologisch Instituut te Groningen, stuurde in 1941 zijn wetenschappelijk archeologisch assistent Pieter J.R. Modderman naar het nieuwe land. Het werd al gauw duidelijk dat de drooggevallen polder zelf een archeologische schatkamer was. Zo stelde Modderman vast dat het middeleeuwse kerkje op de Zuidpunt kerkje in zeven bouwfasen zijn uiteindelijke vorm had gekregen en legde hij de restanten van de eerste middeleeuwse burcht van Kuinre bloot.