Eind 1961 werd vastgesteld dat sedert 1947 reeds meer dan 400.000 bezoekers
het Museum Schokland hadden bezocht.Maar desondanks tekenden zich donkere wolken af. Er waren zorgen in verband met het aanstaande vertrek van de Rijksdienst voor de IJsselmeerpolders. Zal de nieuwe gemeente Noordoostpolder voldoende interesse hebben? Zal het Rijk de handen aftrekken van het museum? Zal de provincie Overijssel de helpende hand uitsteken? Vele vragen waarop spoedig een antwoord gegeven moest worden.
Het kerkje dreigde ten onder te gaan. Met de toename van de klink werden de scheuren in de muren groter. Nadat het water in 1942 was verdwenen begon het verrottingsproces van de oude heipalen. In deze bange tijden ontstond de Vereniging Vrienden van Schokland uit het ledenblad - de Vriendenkring, nu rondom Schokland geheten - waaruit dit artikel komt.
De dreigende ondergang werd gekeerd toen de Rijksoverheid de verantwoordelijkheid voor de restauratie aanvaardde.
Onder architectuur van de heer Th.G. Verlaan voerde het aannemersbedrijf Salverda de restauratiewerkzaamheden uit.
Het moeilijkste karwei was het aanbrengen van een nieuwe fundering. De palen konden niet op de traditionele manier geheid worden, vanwege het dan dreigende instortingsgevaar. Maar een nieuw systeem bracht uitkomst: de palen werden de grond in geperst. Daarna konden de muren hersteld worden.
Slechts enkele bijzonderheden over de uitvoering. Het dak van pastorie en kerk
werden gedekt met leien. Van de aanbouwsels naast de pastorie werd alleen het
pomphok aan de zuidzijde in ere hersteld. Twee ramen van het kerkje die in de
muren waren weggebouwd werden weer zichtbaar gemaakt; de raamluiken daarentegen
werden verwijderd.