Een aandachtige toeschouwer ontdekt op de foto links wel enig verschil met de huidige situatie. Aan de noordzijde is het bijgebouwtje uit de begintijd van de kerk (1834) nog aanwezig. Daarin bevond zich een keukentje met aanrecht, een pomp voor de watervoorziening en een secreet, zoals men toen een WC noemde. De later verdwenen luiken hangen ook nog voor de ramen.
Het is de grote verdienste van Gerrit Daniël van der Heide, de opvolger van Modderman in1946, geweest dat hij oog had voor de betekenis van de oudheidkundige bodemvondsten in de Noordoostpolder. Een pionier, die met zijn vrouw Klaske, de culturele betekenis van de polder wereldkundig wilde maken. Mede dankzij zijn inspanningen werd het kerkje, dat in de begintijd dienst deed als paardenstal, het eerste museum in de in 1985 ingestelde provincie Flevoland. Ir. Minderhoud stelt dat vooral het bezoek van een Friese provinciedelegatie in 1946 bij Smeding de behoefte aan een museale functie van het kerkje deed groeien.
Later besteedde Van der Heide vooral aandacht aan het spectaculaire aantal gevonden scheepswrakken. In de Noordoostpolder kwam dat aantal gevonden wrakken tenslotte op 250. Op de foto rechts: links Gerrit Daniël van der Heide (1915-2006) met tweede van rechts oud-directeur dr. Glazema van de Rijksdienst voor Oudheidkundig Bodem Onderzoek (1954). Met en door zijn honderden publicaties heeft Van der Heide de betekenis van het nieuwe land aan een breed publiek bekend gemaakt.
In het begin van de jaren '60 werd het toen zogenaamde 'Waterstaatkerkje' gerestaureerd.
Museum Schokland beschikt, dankzij het pionierswerk van amateurgeologen, over een zeldzame collectie stenen uit de IJstijd. Later kwam in het Schokkerbos de Gesteentetuin tot stand.
In 1974 werd Dirk Landsman de nieuwe directeur. Tijdens zijn beheer plaatste de overheid de burchten van Kuinre en de terpen van Schokland op de Monumentenlijst (1978).
Zijn opvolger Wim M. Oosterhof (1981-1995) hoopte met groots opgezette exposities meer landelijke bekendheid te verkrijgen. Er kwam meer expositieruimte door de uitbreiding met in ‘Zuiderzeestijl’ gebouwde houten huizen. Het kerkje kreeg weer banken en een preekstoel - die overigens ook weer tijdelijk worden verwijderd wanneer er een expositie is. Het kerkje wordt daarnaast gebruikt voor huwelijksluitingen, en traditioneel voor zang van het Schokkerkoor bij de nieuwjaarsbijeenkomst van de Schokkervereniging.
In 1987 werd het vernieuwde Museum Schokland aan de gemeente Noordoostpolder overgedragen.
Hans Veenhuis maakte deze luchtfoto van Museum Schokland (links). De vereniging Vrienden van Schokland, De Vriendenkring, mocht in 1992 de foto in kleur op de omslag plaatsen. De ligging van de terp is manifest aanwezig in het landschap, het wandelpad rond de terp accentueert dat beeld. De huisjes in ‘Zuiderzeestijl’ maken het beeld compleet.
Bij het 50-jarig bestaan in 1997 blikten de drie ex-directeuren Van der Heide, Landsman en Oosterhof terug op de geschiedenis van het museum zelf. Momenteel is Henk Kloosterman de conservator. Het kerkje is weliswaar nog een onderdeel van het museum, maar is slechts één object van het totale complex aan binnen- en buitenobjecten.