Door de
stormvloed van 1825 was de kerk van de hervormde gemeente zwaar gehavend
en de schade was zo groot dat nieuwbouw de beste oplossing was.
De eigen gemeente beschikte echter niet over de noodzakelijke fondsen. De
toenmalige predikant richtte zich tot de koning met een verzoek tot nieuwbouw.
Het Provinciaal College van Toezicht (Zwolle) kreeg daarop toestemming om voor
maximaal f.10.000 een nieuwe kerk te bouwen. Aarzeling was er of het een stenen
of houten gebouw moest worden. Uiteindelijk waren de voordelen van steen groter
dan de nadelen.
Jan Zwolsman uit Kuinre werd de bouw gegund voor een bedrag van f 8900. Waterstaatsopzichter C. F. Seidel zou toezicht houden voor een bedrag van f 200.
Op de plattegrond links kan de indeling van pastorie en kerk nauwgezet afgelezen worden. De pastorie had een groter oppervlak dan de kerk. Aan de voorzijde van de pastorie - met uitzicht op de zee - lagen twee door een gang gescheiden kamers. De predikant beschikte over een studeerkamer die tevens dienst deed als consistoriekamer, waar de dominee en de kerkenraad konden vergaderen. Via deze kamer kon de predikant binnendoor de kerk betreden. In de kerk nam de preekstoel, met daarop de Statenbijbel, een centrale plaats in. Vlakbij de preekstoel waren de banken voor ouderlingen en diakenen en de prominenten van de Molenbuurt. Mannen en vrouwen zaten gescheiden van elkaar. In het voorste deel van de kerk stonden circa vijftig stoelen voor de vrouwen. Achterin zaten de mannen in banken, bij de instap voorzien van een klapdeurtje. ’s Winters kon men – vooral de vrouwen – gebruik maken van een stoof met een kooltje vuur.
Ds. G. G. de la Couture heeft de eerste steen mogen leggen. Bij de ingang van de kerk is die ingemetselde steen nog steeds aanwezig. Zijn financiële positie was in vergelijking met andere gemeenten helemaal niet zo slecht. Hij ontving f 750 uit ’s lands schatkist. Bovendien had de predikant vrij wonen, wat hem een voordeel opleverde van circa f 30.
Toen de kerk werd geopend was de gemeente nog zeer optimistisch over de toekomst. Maar de predikant maakte ook de achteruitgang van Schokland nog mee. Er kwam een sprankje hoop toen er twee weverijen werden geopend. Op Emmeloord kwam de weverij in het – na het vertrek van Streithorst – leegstaande gemeentehuis. De hoop vervloog toen de fabrikant overging naar machinale productie.
Wegens zijn gezondheid verliet de predikant in 1840 het eiland.
Na de ontruiming werd het kerkje de herberg voor seizoenarbeiders aan de
dijkwerken. Er kwam midden in de kerk zelfs een stookplaats.
Na de drooglegging werd het gebouw gebruikt voor het onderbrengen van paarden.
Het Schokker kerkje krijgt een beter leven in 1947 toen het werd geopend als
museum. Het echtpaar
G. D. van der Heide - Jelsma ging in de pastorie wonen en
maakte in de jaren '60 de grondige restauratie mee.
Op 1 oktober 1987 vond de officiële overdracht plaats aan de gemeente
Noordoostpolder voor het symbolische bedrag van f 1.
En zowaar: in 1990 werd het gebouw ter gelegenheid van een tijdelijke expositie
opnieuw ingericht als kerk. Banken en preekstoel konden van elders worden
verkregen.
In december 1995 werd Schokland op de Werelderfgoed van de UNESCO geplaatst en
verkreeg het Schokker kerkje zelfs internationale betekenis.
Jaarlijks vindt in het kerkje tijdens de nieuwjaarsreceptie van de Schokkervereniging een optreden plaats van het Kamper Schokkerkoor, op de tweede zaterdag in januari - met liederen zoals de Schokkers die destijds in dit kerkje zongen. Verder worden er regelmatig concerten gehouden, en kan men er een huwelijk laten voltrekken.